Joachim Neander provenía de una familia de pastores evangélicos que, siguiendo una moda de la época, transformaron su apellido, para acercarse al griego, de Neumann a Neander. Fue el primer hijo del segundo matrimonio de su padre, Johann Joachim Neander (1614–1666). Creció en su ciudad natal, asistió al Gymnasium lIlustre, donde estudió teología calvinista y se desempeñó como educador en Heidelberg y Fráncfort del Meno, entre otras ciudades. En 1670 fue convertido al pietismo por el evangelista pietista Theodor Undereyck, párroco de St Martini, Bremen, que obtuvo para él una tutoría privada en una familia de comerciantes de Frankfurt. Allí conoció también a Philipp Jacob Spener, autor del texto Pia Desideria, cuya publicación en 1675 se transformaría en el punto de partida para el pietismo. De allí pasó a la Universidad de Heidelberg con varios de sus alumnos. A partir de 1673 fue de nuevo a Frankfurt donde estuvo en contacto personal con Philipp Jakob Spener, el principal pietista de la época, y también con el poeta lírico pietista J.J. Schütz. En 1674 Neander asumió en Düsseldorf los cargos de rector y de ayudante de pastor de la Lateinschule de la comunidad reformada.

Escribió los textos y compuso las melodías de numerosos salmos e himnos religiosos que se cantaban en las reuniones de formación de comunidades cristianas separatistas. Frecuentemente Neander componía sus canciones y celebraba el oficio religioso en una impresionante quebrada del riachuelo Düssel, cerca de Mettmann. Por esta razón, el valle que originalmente se llamaba das Gestein pasó a denominarse en su honor Neandershöhle («cueva de Neander») y a partir del siglo XIX, Neandertal («valle de Neander»). Debido a que en este mismo valle se hallaron los primeros fragmentos esqueléticos de la especie del género Homo extinta hace 28.000 años, el nombre de Joachim Neander también se encuentra asociado al término Homo neanderthalensis

Edición discográfica de obras de Joachim Neander

Trabajó con éxito hasta que se metió en dificultades en 1676 por su apoyo a conventículos pietistas. Se le prohibió en primer lugar predicar y en 1677 evadió su destitución del cargo mediante sólo la firma de un nuevo programa para la escuela, que él había atacado ferozmente antes. En 1679 obtuvo otro puesto, como predicador de la mañana en San Martini, Bremen, residiendo en la casa que hoy es conocida como Neanderhaus (casa Neander), una construcción del siglo XV ubicada al oriente de la iglesia. Habiendo transcurrido menos de un año de su desempeño en la ciudad de su nacimiento,

Neander falleció un lunes de Pentecostés, a la edad de 29 o 30 años, a consecuencia de una enfermedad que no se ha precisado (posiblemente la peste). El lugar de su sepulcro se desconoce hoy en día; no se descarta que pueda encontrarse en Bremen bajo la iglesia de San Martín. Neander publicó una obra sumamente influyente: "Joachimi Neandri Glaub- und Liebesübung: aufgemuntert durch einfältige Bundeslieder und Danck-Psalmen: neugesetzt nach bekant- und unbekandte Sang Weisen: ... zu lesen und zu singen auff Reissen, zu Hauss oder bey Christen-Ergetzungen im Grünen" (Bremen, 1680, perdido; 2/1683 y varias ediciones posteriores); además de las ediciones posteriores de toda la obra, se adoptaron las "Bundeslieder" (canciones del pacto, nombradas por la alianza de Dios con el hombre), completas o en parte, como una sección independiente en los himnarios de muchas iglesias establecidas.

Con F.A. Lampe y Gerhard Tersteegen, Neander contribuyó significativamente a la desaparición del uso exclusivo de los himnos calvinistas en la Baja Alemania; aunque en primer lugar sus canciones fueron por cierto destinadas para el canto de la comunidad, pronto fueron puestas para este uso, sobre todo porque la mayoría de ellas fueron escritas en las formas de verso del Salterio ginebrino y por lo tanto podrían ser cantadas en los tonos correspondientes. La intención de sus 58 melodías originales (con bajo continuo) era sólo como una alternativa. El más popular de sus himnos, que todavía se utilizan hoy en día, es "Lobe den Herren, den mächtigen König der Ehren", cuya melodía está basada en una antigua tonada. "Wunderbarer König", que también se canta todavía hoy en día, tiene un texto y una melodía aún más bellos. Tras la muerte de Neander su poesía fue provista en varias ocasiones con nuevas melodías, de las cuales las 66 con bajo continuo que G.C. Strattner publicó en 1691 son particularmente excepcionales. El «valle de Neander» (Neandertal) se denominó así en su honor.

A Neander se le considera uno de los más importantes compositores líricos de la Reforma en Alemania. Aún hoy en día los libros de cantos alemanes contienen varias piezas de la lírica de Neander. Así por ejemplo, el “Evangelisches Gesangbuch” contiene seis canciones cuyos textos o melodías fueron compuestas por él, y en el “Neuapostolisches Gesangbuch”, el libro alemán de cantos de la Iglesia Nueva Apostólica, se reproducen cuatro himnos suyos.